Moja propozycja to tak jak są moje pliki poukładane. Jest porządek - jest, fragmentacja jest, ale znośna.
Najwazniejsze, zeby nie dopuścić do sytuacji, w której programy lądują hurtem w jednym katalogu na zasadzie "potem się przejrzy" - tak było z poprzednim FTP, i DOSowe, a nieraz starsze, CPMowe kompilatory lądowały w programach pod Windows.