jak wyżej czym się różni ms-dos w wersji 6.22 od dos-u z windows 95 i 98 poza systemem plików fat? bo z czego co wiem microsoft wypuszczając windows 95 osr2 dodał ulepszoną wersję fatu tj. zamiast fat16 dał fat32 a po za tym?

LFN, MSDOS.SYS jako plik tekstowy, niewiele różnic "z zewnątrz" :)

Pamiętam , że była jakaś różnica w poleceniu i przez to jakiś projekt padł

Projekt KarmaOS :). Chodzi o zewnętrzny program SUBST podstawiający katalogi pod wirtualne dyskietki. Była różnica w jego działaniu w określonych warunkach, choć dobrze nie pamiętam jak dokładnie to szło.

Ogólnie to jest znacznie więcej różnic, przez co niezłą gimnastyką jest odpalanie Win3.11 na MS-DOS 7.1 (na 7.0 no f**king way aby poszedł, bo dos jest mocno kopnięty i nawet łatanie go 6.22 i 7.1 nie wiele daje, przerabiałem to w praktyce), za to 7.1 idzie ładnie podpiąć pod Win3.x i wówczas możemy mieć w W311 na przykład VFat (Virtual FAT, znane bardziej jako LFN - Long File Name, czyli obsługę długich nazw plików, jednak nie wszystkie programy to łykną, szczególnie programy Lotusa jak AmiPro mają problemy - potrafią się wysypać nawet). Odpalenie programów z MS-Office 4.x for Windows 3.x to też niezła gimnastyka na DOSie 7.1 (potrzeba dobrego emulatora SHARE - w Win9x funkcja przeniesiona z warstwy dosowej do 32 bitowego jądra, co sprawia, że na Win9x nie uda się w ogóle odpalić np. Worda 6.0a, i zrobienie Locka na wszystkich partycjach, bo inaczej wysypie się DOS w momencie emulowania SHARE (Aby zapobiec uszkodzeniu długich nazw plików system Microsoft Windows zablokował dostęp(...)).
Co do SUBSTa chodzi o to, że pod 6.x subst może (jak się umie go zmusić) emulować nawet napęd CD, pod 7.x zawsze emulowany w ten sposób dysk jest dyskiem twardym (zresztą o dokładnie identycznych parametrach jak partycja gdzie się na prawdę znajduje).
Ogólnie jak wyciągniesz i połatasz 7.1 z Windowsa (najlepiej 98 SE, bo mimo tej samej wersji dosa, jednak się różnią w 95B(OSR2)-95C(OSR2.5)-98 i 98SE) zrobisz partycję Fat32, zainstalujesz Windowsa 3.11 for Workgrups (z 3.1 mogą się pojawić dziwne wałki), dołatasz Windowsa, dorzucisz kilka plików z Win32 powinieneś uświadczyć nawet obsługę USB (tylko DOS w wersji z 98SE).
Gdzieś powinienem mieć tak łatanego DOSa i Windowsa 3.11 (nawet w Delphi 1 zrobiłem do tego instalator)... ;)

EDIT:
Aha, Win3.11 może się nie spodobać DOS 7.1, szczególnie jak stoi na FAT32 do pliku wymiany - przy 75% sam automatycznie przydziela, można zmienić, słowem wszystko gra, czasem tylko z nieznanych przyczyn mu się coś nie podoba, idzie go zmusić (jak raz zadziała, będzie działać puki Windows stoi). ;)